行政部囊括财务部、人事部及办公室综合职能。

会员部行使会员申请、管理、会员资料审核保管及会员活动组织和通知职能。

信息部行使协会内信息传递、协会最新动态追踪、新闻报道及媒体合作职能。

国际部包涵道地药材国际贸易联盟及海峡两岸医药交流中心，行使医药产业国际交流合作职能。

信用评价办公室与国家商务部信用评价办公室合作，行使企业AAA信用评价及协会会员诚信建设管理职能。

商学院囊括所有MBA总裁培训班级（北大班、清华班）、同学会，行使全部有关学习、培训、教育及人才培养职能。

研究部包涵数据研究中心（2015年成立）及医药零售研究中心（戴航），医药互联网研究中心 ，行使医药产业最新数据追踪、整合、分析职能。